С 1 января 2012 года обучение на уровень высшего образование можно осуществлять только в случае, когда качество соответствующей группы учебной программы оценено, и Правительство Республики предоставило проводить обучение в данной группе учебной программы.
В Стандарте высшего образования указаны группы учебной программы и уровни высшего образования, по которым учебные заведения имеют право проводить обучение. Праву проведения обучения сопутствует право выдачи государственных дипломов.
Начиная с 2009 года оценку качества высшего образования проводит действующее в качестве структурного подразделения фонда Archimedes Эстонское агентство по качеству высшего образования.
Институциональная аккредитация
Институциональная аккредитация оценивает внутреннюю систему обеспечения качества и ее функционирование, в т.ч. выполнение задач учебного заведения, соответствие системы управления целям и программе развития высшей школы.
Высшие школы обязаны проходить институциональную аккредитацию раз в семь лет, но в случае, если Агентство по качеству при прошлой аккредитации выявило недостатки, оно может назначить срок до трех лет, в течение которого учебное заведение должно снова пройти институциональную аккредитацию. Решение об институциональной аккредитации принимает оценочный совет Агентства по качеству.
Оценка качества групп учебных программ
В ходе оценки качества оценивается соответствие учебных программ, проходящего на их базе обучения и учебно-развивающей деятельности правовым актам, внутригосударственным и международным стандартам и направлениям развития. Оценивается учебная программа, ее развитие, наличие ресурсов, учебный процесс, преподаватели и студенты.
Оценка качества осуществляется раз в семь лет, если агентство по качеству, исходя из оценки результатов качества, не установило срок до трех лет. Результатом оценки качества является решение, которое выносит оценочный совет Агентства по качеству.