Haridus- ja teadusministrit nõustavad Teaduspoliitika komisjon4 ja Teaduskompetentsi Nõukogu5. Teaduspoliitika komisjon teeb ettepanekuid Eesti teaduspoliitika ning teadus- ja arendusasutuste finantseerimise strateegia kujundamiseks. Teaduskompetentsi Nõukogu ülesandeks on ministrile ettepanekute tegemine teadusasutuste kulude katmise ja teadusteemade sihtfinantseerimise kohta ning teadustöö tulemuste rahvusvahelisele tasemele vastavuse hindamine.

Ettevõtlusega seotud teadus- ja arendustegevuse ning innovatsioonipoliitika planeerimise, koordineerimise ja täideviimise eest vastutab Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium (MKM)6. Majandus- ja kommunikatsiooniministri nõuandva organina toimib Innovatsioonipoliitika komisjon7. Innovatsioonipoliitika riiklike toetusmeetmete rakendajaks on Ettevõtluse Arendamise Sihtasutus (EAS)8.

Sihtasutuse Eesti Teadusfond (ETF)9 ülesandeks on grantide eraldamise teel toetada teadusuuringuid, leida riigieelarve väliseid vahendeid teadustöö toetamiseks jne. ETF esindab ühtlasi Eesti teadlaskonda rahvusvahelisel tasemel.