Magistriõppe ehk kõrghariduse teise astme nominaalkestus on 1–2 aastat ja õppekavas määratud õppe maht 40–80 ainepunkti (60–120 EAÜ ainepunkti). Bakalaureuseõppe ja magistriõppe nominaalkestus kokku on vähemalt 5 aastat ja õppekavas määratud õppe maht 200 ainepunkti (300 EAÜ ainepunkti).

Bakalaureuse- ja magistriõppe integreeritud õppekavadel põhineva õppe puhul on arstiõppe ja loomaarstiõppe nominaalkestus 6 aastat ja õppekavas määratud õppe maht 240 ainepunkti (360 EAÜ ainepunkti). Hambaarstiõppe, proviisoriõppe, arhitektiõppe, ehitusinseneriõppe ja klassiõpetaja koolituse nominaalkestus on 5 aastat ja õppekavas määratud õppe maht 200 ainepunkti (300 EAÜ ainepunkti).

Viimase astme, doktoriõppe nominaalkestus on 3–4 aastat ja õppekavas määratud õppe maht 120–160 ainepunkti (180–240 EAÜ ainepunkti).

Eestis on kaheharuline kõrgharidussüsteem, kus tegutsevad erinevat tüüpi institutsioonid.

Ülikool on teadus-, arendus-, õppe- ja kultuuriasutus. Ülikooli tegevus on suunatud rahvusvahelisel tasemel alus- ja rakendusuuringute läbiviimisele, mille üheks eelduseks on teooriapõhise ja teadustööle suunatud kõrghariduse teise ja kolmanda astme õppe pakkumine.

Rakenduskõrgkoolid ja erandina mõned kutseõppeasutused valmistavad tööjõuturu vajadusi arvestades ette heade kutseoskustega motiveeritud spetsialiste kõrghariduse esimesel astmel.

Eelduseks on õppekavade paindlikkus ja praktikakesksus ning tihe koostöö valdkonna ettevõtete, kutseliitude ja teiste sotsiaalsete partneritega. Vabariigi Valitsus võib anda loa rakenduskõrgkoolis magistriõppe õppekava avamiseks. 2009. aasta märtsikuu seisuga on Eestis kuus rakenduskõrgkooli, kus on õigus läbi viia magistriõpet.

Lisaks avalik-õiguslikele ülikoolidele, riigirakenduskõrgkoolidele ja mõnele kutseõppeasutusele on kõrghariduse omandamise võimalused loodud ka erasektoris, kus tegutsevad nii eraülikoolid, -rakenduskõrgkoolid kui erakutseõppeasutused.

2009. aasta 30. märtsi seisuga pakub Eestis kõrgharidust 34 õppeasutust, mis omandivormi ja tüübi alusel jagunevad järgmiselt:

1. 6 avalik-õiguslikku ülikooli,
   

2. 4 eraülikooli,
   

3. 10 riigirakenduskõrgkooli,
   

4. 11 erarakenduskõrgkooli,
   

5. 2 riigikutseõppeasutust ja
   

6. 1 erakutseõppeasutus.