Область управления
Языковая инспекция - находящееся в ведении Министерства образования и науки государственное учреждение, правопреемник Языкового департамента, действовавшего с 23.11.1990 по 31.12.1997.
Подведомственные учреждения Министерства образования и науки
Бюро сети школ Министерства образования и науки обслуживает министерство в вопросах руководства подведомственными государственными основными школами и гимназиями, профессиональными учебными заведений и прикладными высшими учебными учреждениями.
Государственный экзаменационный и квалификационный центр – государственное учреждение, подчиняющееся министру образования
Сеть передачи данных образования и науки Эстонии (EENet) занимается развитием и упорядочением сетей передачи данных образовательных, научных и культурных учреждений, руководит и координирует их деятельность в Эстонии.
Эстонский центр молодежной работы (ENTK) направляет и руководит молодежной работой
Целевые учреждения и коммерческие объединения, находящиеся в области управления Министерства образования и науки:
Целевое учреждение «Прыжок тигра»
Целевое учреждение «Эстонский научный фонд»
Целевое учреждение «Archimedes»
Целевое учреждение эстонских инфотехнологий
Целевое учреждение по развитию постоянного обучения «Innove»
Целевое учреждение развития эстонского спортивного обучения
Целевое учреждение «Научный центр АННАА»
Государственный Экзаменационный и Квалификационный Центр
